Analisis SMILES Sintetis vs Herbal
Topological indices eksak, Graph Convolutional Network, R², MAE, MSE, grafik, dan tabel prediksi.
Disusun Oleh: Dr. Ika Hesti Agustin, S.Si., M.Si.
Akses database SMILES terintegrasi
Cari dan pilih struktur dari katalog DrugCentral–IMPPAT yang sudah divalidasi RDKit, atau ambil satu struktur secara langsung melalui PubChem PUG REST.
| Pilih | ID | Senyawa | Kelompok | Tanaman sumber | Bagian | Database | Canonical SMILES |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Memuat katalog… | |||||||
Katalog tertanam: 199 struktur obat DrugCentral, 400 fitokimia IMPPAT 3.0, dan 1 struktur yang muncul pada kedua sumber, semuanya dengan SMILES yang telah divalidasi RDKit. Katalog adalah snapshot terkurasi, bukan salinan lengkap atau klasifikasi asal sintesis yang mutlak.
Pencarian langsung PubChem
Muat dataset SMILES
Kolom minimum: id,nama,sumber,smiles. Nilai sumber: synthetic atau herbal. Kolom target dan referensi bersifat opsional.
Kontrak data
- Satu baris = satu senyawa kimia, bukan satu tanaman/ramuan.
- Label synthetic/herbal adalah asal dataset, bukan sifat intrinsik molekul.
- Campuran dan garam dengan tanda titik ditolak agar indeks jarak tidak ambigu.
- Dataset demonstrasi hanya untuk menguji perangkat lunak, bukan untuk kesimpulan penelitian.
Indeks topologi eksak
Graf yang digunakan adalah graf heavy-atom sederhana, tak berarah, tanpa hidrogen implisit sebagai simpul. Klik baris untuk melihat struktur 2D.
| ID | Senyawa | Kelompok | Canonical SMILES | Atom | Ikatan | Wiener | Randić | Zagreb 1 | Zagreb 2 | ABC | GA | Balaban J | Hosoya |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Muat dan validasi dataset. | |||||||||||||
Struktur molekul
RDKit akan merender struktur dari canonical SMILES.
Perbandingan kelompok dataset
| Kelompok | N | Wiener mean | Randić mean | Zagreb 1 mean | Zagreb 2 mean | ABC mean | GA mean | Hosoya mean |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Belum ada data. | ||||||||
Latih Graph Neural Network
Model menggunakan dua lapisan Graph Convolution, adjacency graph, fitur atom, sum pooling yang invariant terhadap urutan atom, dan head regresi.
Evaluasi dan keluaran dosen
Metrik hanya muncul setelah training selesai. Nilai negatif R² tidak disembunyikan atau dipaksa menjadi nol.
Baseline mean belum dihitung.
Loss train & validation
Aktual vs prediksi test
Rata-rata target per kelompok
Tabel prediksi test
| ID | Senyawa | Kelompok | Aktual | Prediksi GNN | Residual | Split | Canonical SMILES |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Latih GNN untuk menghasilkan prediksi test. | |||||||
Batas ilmiah dan sumber data
Website ini adalah alat analisis edukatif. Kualitas kesimpulan tetap bergantung pada kurasi dataset, representasi kimia, dan ukuran sampel.
- SMILES tidak membuktikan apakah senyawa berasal dari tanaman atau sintesis.
- Senyawa yang sama dapat ditemukan di alam dan juga dibuat secara sintetis.
- Label kelompok adalah metadata dari sumber data dan tidak diberikan kepada GNN sebagai fitur.
- Dataset kecil dapat menghasilkan R² test yang tidak stabil atau negatif.
Definisi indeks
Wiener dan Harary memakai jarak lintasan terpendek. Randić, Zagreb, ABC, dan GA memakai degree. Balaban memakai distance sum. Hosoya menghitung seluruh matching termasuk matching kosong.
Graf disconnected ditolak melalui kebijakan satu-molekul/satu-fragment.